知名製藥公司-泰達羅斯(Daidalos)的總部發生了一場爆炸案,一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身,生命危在旦夕。此時,在以不追究無照醫療行為的條件下,黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…同一災難引發了另一場悲劇:一位母親身受重傷而全身癱瘓,為了不拖累子女,她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面,他的孩子為了救母親,日以繼夜打工存錢,希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影,黑傑克不自覺想起自身的遭遇…兩位醫師,一位要致死,一位要救命,就在秘密之島「伊卡洛斯島」上,黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何?系列史上的最大危機,正一步步向這位天才外科醫生逼近!《怪医黑杰克:两位神秘医师》是部有着特色个性美的动画片,观众可从中观察到弱肉强食的社会也可看到独立成长的重要性。《怪医黑杰克:两位神秘医师》完美的诠释了一个美丽的童话,也是一个现实的童话,营造的光影之梦是如此的卓尔不凡,这部动画是导演最出色的佳作。故事简单而抽象,传递着满满正能量的情感,《怪医黑杰克:两位神秘医师》有着对爱的探讨,童稚之爱的原则是:“因为我爱,所以我爱。”成熟之爱的原则是:“因为我爱,所以我被爱”。侧面反映出了现代人对单纯、美好事物的渴求。